黑龙江中医药大学附属第二医院的前身为黑龙江中医学院附属医院门诊部。于1963年3月1日正式成立。建院时，设病床200张，拥有房舍7000余平方米。1995年10月25日，国家中医药管理局批准黑龙江中医学院附属二院为"全国中医中风病医疗中心建设单位"。1996年4月，"全国中医中风病医疗中心"在医院成立。1996年，医院更名为"黑龙江中医药大学针灸推拿学院暨附属第二医院"。